Főbb művei

F. m.: A magyar királyi testőrség története, különös tekintettel irodalmi működésére. (Pest, 1872
2. kiad. Bp., 1878)
Legrégibb műemlékeink a keresztyén korból. (Századok, 1877)
A magyar nyomdászat történelmi fejlődése. 1472–1877. (Bp., 1878)
Die Kunstdenkmale Leutschau’s. (Literarische Berichte aus Ungarn. Bp., 1879)
Wallenstein horvát karabélyosai 1623–1626-ig. Levéltári kutatások alapján írta. (Bp., 1882
németül: 1884)
I. Frigyes Vilmos porosz király. 1–3. (Budapesti Szemle, 1884
megjelent: Olcsó Könyvtár. Bp., 1888)
Colbert, mint államférfi. Akadémiai székfoglaló. (Elhangzott: 1885. ápr. 13.)
A czestochowai pálos nyomda magyar tárgyú emlékei. – A pétervári könyvtár 1860–1887-ig. (Magyar Könyvszemle, 1887)
Colbert. I–II. köt. (Bp., 1887–1890
a két kötet egybekötve is megjelent)
A magyarság Moldvában. (Földrajzi Közlemények, 1888)
A nagyszombati érseki főgymnasium könyvtára és az iskolai értesítőkben megjelent könyvjegyzékek. (Magyar Könyvszemle, 1888)
Francziaország hatása Európa művelődésére. (Bp., 1889)
Hódmezővásárhely. (Bp., 1890)
Kazinczy Ferenc és a nemzeti hála. (Irodalomtörténeti Közlemények, 1891)
Gróf Dessewffy József önéletrajza. – Elfelejtett írók: Péczeli és Péteri Takáts. (Irodalomtörténeti Közlemények, 1891)
„Attila” a kutyafajzat. XVI. századi olasz költemény. 1–3. (Irodalomtörténeti Közlemények, 1892)
A spanyol inquisitio. Akadémiai székfoglaló. (Elhangzott: 1904. okt. 10.
megjelent, kivonatosan: Akadémiai Értesítő, 1904)
Régi magyar nyelvünk és a nyelvtörténeti szótár. I/1–2. rész. (Bp., 1904–1911)
A nemzetiségek és a szabadság. B. A. országgyűlési beszéde. (Bp., 1906)
Br. Eötvös József közoktatási politikája. (Néptanítók Lapja, 1907)
Az igazi Rákóczi. (Bp., 1916)
XII. Károly és a svédek átvonulása Magyarországon. 1709–1715. (Bp., 1922)
Buda és Pest a világirodalomban. 1473–1711. I. köt. (Bp., 1925)
Császári kormányzat Budán és Pesten. 1686–1711. (Akadémiai Értesítő, 1926)
Élő tanítások. B. A. kisebb munkái. Sajtó alá rend., az életrajzot írta Sárkány József. (Bp., 1934)
szerk.: Duruy, Victor: Világtörténelem. Átdolgozta és Magyarország történetével bővítette. (Bp., 1880)
Kecskeméti W. Péter ötvöskönyve. Sajtó alá rend., a bevezető tanulmányt írta, a glosszáriumot összeáll. (Bp., 1884)
Kossuth Lajos észak-amerikai beszédei a nemzetiségekről és a nemzetek testvériségéről. Sajtó alá rend., a bevezető tanulmányt írta. (Bp., 1919).

Irodalom

Irod.: Politikai Magyarország. (Bp., 1914)
Szekfű Gyula: Mit vétettem én? Ki gyalázta Rákóczit? (Bp., 1915)
Gábor Andor: Ballagi tanár úr (Világ, 1917. 107.)
Gábor Andor: Ballagi, a történetíró (Világ, 1917. 124.)
Magyar irodalmi lexikon. Szerk. Ványi Ferenc. (Bp., 1926)
Irodalmi lexikon. Szerk. Benedek Marcell. (Bp., 1927)
Halálhír. (Budapesti Hírlap, 1928. jún. 22.)
Angyal Dávid: B. A. ravatalánál (Akadémiai Értesítő, 1928)
Balanyi György: B. A. (Századok, 1928)
Magyar politikai lexikon. Szerk. T. Boros László. (Bp., 1929)
A magyar legújabb kor lexikona. Szerk. Kerkápoly M. Emil. (Bp., 1930)
Sárkány József: B. A. (S. J.: Élő tanítások. Bp., 1934)
Új lexikon. A tudás és a gyakorlati élet egyetemes enciklopédiája. Szerk. Dormándi László, Juhász Vilmos. (Bp., 1936)
Zolnai Béla: Thaly, Ballagi, Riedl (Irodalomtörténet, 1961)
Kecskemét jelesei. Szerk. Heltai Nándor. (Kecskemét, 1968)
Vértesy Miklós: B. A. és az Egyetemi Könyvtár. (Magyar Könyvszemle, 1975)
Kecskeméti életrajzi lexikon. (Kecskemét, 1992)
Waktor Andrea: A XIX. századi működése és változásai a Ballagi család levelezésének tükrében. (Sic itur ad astra, 1995)
Születtem… Magyar tudósok önéletrajzai. Összeáll. Csiffáry Gabriella. (Bp., 2003)
Szilágyi Ágnes Judit: Szekfü Gyula és A száműzött Rákóczi kapcsán kialakult vita. (Sz. Á. J.: Érdekes személyiségek, emlékezetes viták a magyar történetírásban. (Bp., 2007)
Csíki Tamás: Mítoszteremtés – történetírói módra. Takáts Sándor és B. A. Kelemen Didák képe. (Publicationes Universitatis Miskolciensis. Sectio Philosophia, 2008).